科技期刊的常見名詞用法錯誤探析

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引言

生物信息學(xué)是近年來發(fā)展起來的一門新興學(xué)科，科技期刊中有關(guān)生物信息學(xué)方面的文章越來越多，但科技期刊的很多編輯對生物信息學(xué)方面的知識了解有限，在尚無規(guī)范和標(biāo)準(zhǔn)可參考的情況下，只能原稿來什么樣就發(fā)什么樣，經(jīng)常會出現(xiàn)一些關(guān)聯(lián)名詞描述方面的錯誤，因此，對生物信息學(xué)中一些關(guān)聯(lián)名詞用法進行研究具有重要的意義。目前，在生物信息學(xué)編輯方面僅見蔣元霖［1］、劉華［2］、張翠英［3］、張冰［4］等關(guān)于科技期刊中基因及蛋白質(zhì)符號的規(guī)范表達，宋亞珍等［5］關(guān)于同源性、一致性、相似性概念辨析等研究，有關(guān)生物信息學(xué)中更多名詞的用法及其準(zhǔn)確表述的研究尚未見報道。而科技期刊中有關(guān)基因的克隆與表達以及蛋白質(zhì)的提取、分離、純化和功能等方面研究的文章越來越多，筆者根據(jù)對此類文章的編輯實踐以及對部分科技期刊此類文章的閱讀，發(fā)現(xiàn)一些既有關(guān)聯(lián)又有區(qū)別的名詞，如基因與蛋白質(zhì)，核苷酸序列與氨基酸序列，同源性與親緣關(guān)系等的使用及其表述不少有誤甚85至存在歧義，為此，本研究對這些高使用頻率關(guān)聯(lián)名詞的用法錯誤進行了分析，旨在為同人提供參考。

一基因和蛋白質(zhì)名詞用法錯誤辨析

基因和蛋白質(zhì)是最常見的兩個名詞，雖然是兩個不同的概念，但又緊密關(guān)聯(lián)。基因是一段有遺傳效應(yīng)的脫氧核糖核苷酸序列(DNA)，基因的基本結(jié)構(gòu)單位是脫氧核苷酸;DNA要通過RNA的轉(zhuǎn)錄(mRNA)和翻譯(tRNA)才能產(chǎn)生蛋白質(zhì)，即基因編碼蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)單位是氨基酸［6－8］。生物信息學(xué)稿件中常見的錯誤有:1．基因與蛋白質(zhì)混淆例1．本研究通過PCR技術(shù)對RcTIR1基因進行了克隆，生物信息學(xué)分析顯示其含有富含亮氨酸重復(fù)序列的結(jié)構(gòu)域，并通過多序列比對顯示該基因與小立碗蘚的生長素受體蛋白TIR1相似度達76%，初步認(rèn)為該基因為生長素受體蛋白TIR1。例1中，存在多個錯誤:(1)“其含有富含亮氨酸”中的“其”指基因，而基因是不含有氨基酸的，應(yīng)將“其”改為蛋白質(zhì);(2)“多序列比對顯示該基因”中的“該基因”是不能與蛋白質(zhì)直接比較的，應(yīng)將“該基因”改為蛋白質(zhì);(3)“相似度76%”指的是氨基酸序列之間的同源性比對，數(shù)值結(jié)果應(yīng)描述為一致性，應(yīng)將“相似度76%”改為“一致性76%”;(4)“初步認(rèn)為該基因為生長素受體蛋白TIR1”有邏輯錯誤，即“基因”是“蛋白質(zhì)”。因此，本例應(yīng)改為:“本研究通過PCR技術(shù)對RcTIR1基因進行了克隆，生物信息學(xué)分析顯示該基因編碼的蛋白質(zhì)含有富含亮氨酸重復(fù)序列的結(jié)構(gòu)域，并通過多序列比對顯示該基因編碼的蛋白質(zhì)與小立碗蘚的生長素受體蛋白TIR1一致性達76%，初步認(rèn)為該基因編碼的蛋白質(zhì)為生長素受體蛋白TIR1?！?．標(biāo)題或圖題中基因、蛋白質(zhì)的描述與研究內(nèi)容不一致例2．Fesod的生物信息學(xué)分析;Fesod生物信息學(xué)分析例3．Actin系統(tǒng)進化樹分析;Actin系統(tǒng)進化樹分析例2、例3均為常見的二級標(biāo)題或圖題，其中每個例子的第一句都是表述基因?qū)用娴膬?nèi)容，第二句都是表述蛋白質(zhì)層面的內(nèi)容，表面看上去都沒有錯誤，但在文中標(biāo)題或圖題中基因、蛋白質(zhì)的表述與研究內(nèi)容經(jīng)常不一致。如生物信息學(xué)分析中，如果是通過軟件對克隆的基因片段推導(dǎo)的蛋白質(zhì)的分子量、等電點、信號肽、跨膜區(qū)、二級結(jié)構(gòu)等進行預(yù)測，標(biāo)題或圖題應(yīng)表述為蛋白質(zhì)的生物信息學(xué)分析;如果是對克隆的基因序列及其結(jié)構(gòu)等進行的分析，標(biāo)題或圖題應(yīng)表述為基因的生物信息學(xué)分析。再如系統(tǒng)進化分析中，如果是基于基因序列(核苷酸序列)構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹，標(biāo)題或圖題應(yīng)表述為基因系統(tǒng)進化分析;如果是基于蛋白質(zhì)序列(氨基酸序列)構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹，標(biāo)題或圖題應(yīng)表述為蛋白質(zhì)系統(tǒng)進化分析。

二基因符號與蛋白質(zhì)符號用法錯誤辨析

筆者隨機對2015和2016年30多種科技期刊中基因符號的斜體表達情況進行調(diào)查，結(jié)果還是有10%左右的期刊未用斜體字母表示基因符號，即使用斜體字母表示基因符號的期刊，存在的問題也很多，如對一些基因與蛋白質(zhì)未能準(zhǔn)確區(qū)分，導(dǎo)致基因符號和蛋白質(zhì)符號表達存在諸多問題。生物信息學(xué)稿件中常見的錯誤有:1．引物名稱、重組質(zhì)粒中的基因符號等未用斜體例4．設(shè)計了IGFBP-2基因的1對簡并引物IGFBP-2F和IGFBP-2R例5．刺參凝集素基因AJL與原核表達載體pET-32a(+)的重組質(zhì)粒pET-32a(+)-AJL例4中，引物名稱是以基因命名的，基因“IG-FBP-2”應(yīng)為斜體，即改為“簡并引物IGFBP-2F和IGFBP-2R”;例5中，重組質(zhì)粒是指將酶切的基因片段和表達載體通過酶連接并轉(zhuǎn)化至大腸桿菌細(xì)胞(或其他細(xì)胞)中得到的重組體，因此，本例中基因“AJL”應(yīng)為斜體，即改為“重組質(zhì)粒pET-32a(+)-AJL”。2．蛋白質(zhì)符號未用正體或未大寫例6．用鄰接法構(gòu)建的基于nm23氨基酸序列的系統(tǒng)進化樹例6中，“nm23”表示的是蛋白質(zhì)，而字母全為小寫，說明蛋白質(zhì)符號用法錯誤，可以找作者確定此蛋白質(zhì)的準(zhǔn)確符號，是首字母大寫還是所有字母全大寫，也可以將“nm23氨基酸序列”直接改為“nm23基因推導(dǎo)的氨基酸序列”。目前，基因和蛋白質(zhì)的命名及符號在不同物種間沒有統(tǒng)一的規(guī)則［9］，根據(jù)《TIG遺傳命名指南》［10］有關(guān)細(xì)菌、原生動物、酵母、絲狀真菌、植物、無脊椎動物、脊椎動物中一些典型生物模式的命名規(guī)則與書寫原則，生物基因符號的組成歸納起來一般有以下幾種:全小寫斜體字母，全大寫斜體字母，斜體的小寫字母+大寫字母(有首字母大寫，有最后一個字母大寫)，斜體字母+數(shù)字等。但蛋白質(zhì)符號的定義基本相同，一般用相同的基因符號命名蛋白質(zhì)，不用斜體，但要大寫(或首字母大寫)。這表明，基因與蛋白質(zhì)符號的正斜體表達目前已有統(tǒng)一規(guī)定，只要作者使用的生物基因和蛋白質(zhì)符號命名準(zhǔn)確，再加以正斜體，即可用字母符號準(zhǔn)確表達基因和蛋白質(zhì)，即使“基因”和“蛋白質(zhì)”兩詞省略，也能分清描述的是基因還是蛋白質(zhì)。

三核苷酸序列與氨基酸序列用法錯誤辨析

生物信息學(xué)稿件中，經(jīng)常出現(xiàn)因核苷酸序列與氨基酸序列混淆而發(fā)生的表述錯誤?；蛐蛄芯褪侵负塑账嵝蛄校蚍Q基因核苷酸序列;而蛋白質(zhì)序列就是指氨基酸序列，或稱蛋白質(zhì)氨基酸序列。核苷酸序列和氨基酸序列最簡單的區(qū)分方法就是，核苷酸序列中僅含A、T、C、G4個字母，而氨基酸序列中還有其他字母。作為編輯，有時雖然不知道稿件作者具體是基于什么序列進行的分析，但可從一篇文章中對此類問題的前后描述以及圖表來準(zhǔn)確區(qū)分和表述這兩種序列。生物信息學(xué)稿件中常見的錯誤有:1．基因序列與氨基酸序列混淆例7．茶尺蠖EoL2與其他昆蟲脂肪酶氨基酸序列進化樹分析例8．Pm-MMP-17與其他物種的進化分析(標(biāo)題);Pm-MMP-17蛋白質(zhì)聚類分析(圖題)例7中，“EoL2”是指脂肪酶基因，顯然基因序列(核苷酸序列)是不能與“其他昆蟲脂肪酶氨基酸序列”一起構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的，因此，應(yīng)將“茶尺蠖EoL2”改為“茶尺蠖EoL2氨基酸序列”;例8中前后兩句是同一篇文章的一個二級標(biāo)題和一個圖題，描述的是同一個內(nèi)容，顯然前一句描述的是基于基因序列的物種進化分析，而后一句描述的是基于蛋白質(zhì)序列的物種進化分析，前后不一致，實際上，根據(jù)原文內(nèi)容后一句描述是正確的，因此，可將例8中前一句改為“Pm-MMP-17氨基酸序列與其他物種的進化分析”。2．蛋白質(zhì)與核苷酸序列、基因與氨基酸序列錯誤搭配例9．劍尾魚Cu/Zn-SOD核苷酸及氨基酸序列相似性與其他已知魚類的比對例10．豬、人、牛、綿羊和小鼠PDGFRα基因氨基酸多重序列比對結(jié)果例9中，據(jù)原文正體符號Cu/Zn-SOD代表蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)不能直接搭配核苷酸序列，應(yīng)將蛋白質(zhì)改為基因，即改為“劍尾魚Cu/Zn-SOD核苷酸序列及其推導(dǎo)的氨基酸序列”;例10中，基因不能直接搭配氨基酸序列，應(yīng)將基因改為蛋白質(zhì)，即改為“PDGFRα蛋白質(zhì)氨基酸多重序列”。

四同源性與系統(tǒng)進化分析

結(jié)果描述錯誤辨析同源性分析與系統(tǒng)進化分析都是用于判斷同源基因或同源蛋白質(zhì)而進行的不同層面的分析，同源性分析進行的是基因序列或蛋白質(zhì)序列的比對，其結(jié)果一般用一致性、相似度、同源序列等描述;而系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建是基于同源基因序列或是同源蛋白質(zhì)序列，其結(jié)果一般用是否聚在一個分支和親緣關(guān)系遠(yuǎn)近等描述。生物信息學(xué)稿件中常見的錯誤有:1．同源性分析結(jié)果用物種的親緣關(guān)系遠(yuǎn)近描述例11．EoL2編碼的蛋白與其它昆蟲脂肪酶蛋白序列比較分析的結(jié)果表明，EoL2序列與家蠶BmL1序列相似度最高，為57%，親緣關(guān)系較近，其次為黑脈金斑蝶Danausplexippus(Linnaeus)DpL1為55%，與棉鈴蟲HaL、家蠶BmL、黑脈金斑蝶DpL2序列一致性均為44%……例11中，有多個錯誤描述:(1)本例中描述的是同源性分析結(jié)果，不能用“親緣關(guān)系較近”來描述，應(yīng)將“親緣關(guān)系較近”刪除;(2)“BmL1序列相似度最高，為57%”中顯然指相似度為57%，一般情況下，根據(jù)序列比對軟件得出的結(jié)果中只有“I-dentity”(一致性)值，沒有“Similarity”(相似度)值，因此，序列比對分析中，數(shù)值的多少要用一致性描述，序列的相似程度即相似度要用高低來描述，本例中應(yīng)將“57%”改為“序列一致性為57%”，“為55%”改為“序列一致性為55%”。2．系統(tǒng)進化分析結(jié)果用同源性描述例12．將ScMT2－1－4推導(dǎo)的氨基酸序列進行了Blastp同源搜索，選取不同植物的MT2蛋白序列與ScMT2－1－4構(gòu)建系統(tǒng)進化樹，結(jié)果表明，ScMT2－1－4基因編碼蛋白與已報道的甘蔗ScMT2－1－3基因(登錄號:KJ504375)和甘蔗ScMT2－1－2基因(登錄號:AAV50043)編碼蛋白同源性最高，其次是高粱MT2(登錄號:XP0024551970)和玉米MT2－1(登錄號:NP001150795)。例12中，描述的是系統(tǒng)進化分析結(jié)果，不能用同源性高低描述，應(yīng)將“同源性最高”改為“親緣關(guān)系最近”。

五結(jié)語

科技期刊來稿中，有很多作者對基因、蛋白質(zhì)、核苷酸、氨基酸、序列等名詞及其組合的表述比較混亂，甚至?xí)霈F(xiàn)歧義，編輯應(yīng)根據(jù)文中的實際情況，將這些名詞準(zhǔn)確加以區(qū)分，正確表述。