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一、整體管理，發揮優勢
九年一貫制學校管理模式的研究、探索的是實施素質教育的一種運行機制，一種適應素質教育需要的辦學模式，它重點要回答和解決如何充分發揮九年一貫教育教學的優勢，讓所有學生獲得最快最佳的發展，并為他們終生可持續的發展奠定堅實的基礎的問題。進行九年一貫制辦學管理模式的研究，涉及和要解決的問題諸多，如在九年一貫制學校管理研究上，突出學校管理體制與管理網絡和學校行政管理兩個問題的研究；九年一貫制學校的德育工作的研究側重學校德育目標與任務，學校德育原則和學校德育的實施三方面內容的研究。進行九年一貫制學校管理模式研究的理論與實踐價值可從以下幾個方面理解。
1.從社會學上看，九年一貫制學校滿足了我國社會發展所提出的要求。《義務教育法》規定：“承擔實施義務教育任務的學校為：地方人民政府設置或批準設置的全日制小學；全日制普通中學，九年一貫制學校；初級中等職業學校。”可見，九年一貫制學校在實現國家社會所要求的九年義務教育任務上，具有不可忽視的意義，如果不是九年制義務教育的國家與社會的要求，九年一貫就失去了社會基礎，九年一貫制學校自然也就缺乏社會制約前提。因此，九年一貫制學校教育的出現與發展有其必然性與現實性。
2.從教育上看，九年一貫制不僅提出了一種新的學制形式，還由這一學制所組織的學校教育，在管理體制、教育教學運行機制、課程教材設置、課堂教學模式、素質教育評價和師資隊伍素質等方面有與其他學制學校不同的特點與要求，需要人們從教育學上研究其管理特點、方式，研究教育教學的評價與操作方法。例如，九年一貫制學校教育，對教師素質如何適應“九年一貫”這種既非中學又非小學的教育形式就已有不同的要求，師范教育與現有教師如何調整、改善與提高，也有實踐的需要。有關這些問題的研究與探索，將會把教育學大大地向前推進一步。
3.從生理學、心理學上看，九年一貫制學校中的學生從7歲入學，跨越兒童期、少年期直至青年初期，在漫長的九年學校生活中，生理與心理發生了巨大的變化，這種變化，其時間跨度之長、形式之繁復、內容之豐富、活動之集中與典型，都遠遠超過其他學制類型的學校。而教師在九年時間里，伴隨著學生走過生命歷程中最重要的一段時期，其對學生影響之大也遠遠超過其他類型的學校。九年一貫制學校為學生平穩度過其人生最重要時期提供了一個相對穩定的環境，有利于發揮學校教育的積極影響作用。很顯然，九年一貫制學校的出現，既有利于學生身心的健康發展，又給心理學與學校心理學提出了一個新課題。
4.從管理學上看，九年一貫制學校既非中學又非小學教育行政部門，要對其實施管理，學校就要對自身進行管理，這都不是原有教育管理、學校管理學所能給予回答的，這種對原有管理模式的突破，不僅有實踐意義，也有理論意義。原來依照學程劃分的學校管理，只注重了學程階段性而忽視了連續性，只注重了教育的計劃性而忽視了基礎教育階段小學與初中教育的義務性與全民性，忽略了國家、社會所要求的義務教育的完整性及完整管理。因此，九年一貫制學校的出現促進了教育行政與學校管理的改革，其實踐也影響著管理學特別是教育行政與學校管理學的發展。
二、加強銜接，平穩過渡
九年一貫制學校是根據國家義務教育法有關實施九年義務教育年限的規定組建起來的，貫穿小學與初中教育的一體化學校。它體現了教育一體化和教育規模集聚理論。一體化理論體現在學制設置上，使教育的功能主要定位在發展而不在選拔，這符合義務教育的公平原則；教育規模集聚理論是重組教育資源，使內部各因素能較均衡地運行，達到較高的效益。“九年一貫制學校管理模式”是我國素質教育模式之一，是一種經過長期探索與實踐證明行之有效的教育形式。所謂“模式”，是具體結構、程序、策略和方法的合成表現。九年一貫制辦學管理模式，就是九年一貫制這一特有的辦學形式所表現出來的結構程序策略和方法。“九年一貫制學校管理模式的主要特征”主要表現在以下幾點：一是與國家所規定的義務教育年限相一致；二是學生從一年級至九年級，相繼完成小學教至初中教育，其間不間斷、不選拔，一以貫之地接受九年學校教育；三是施行一體化學校行政、教育和教學管理，保證素質教育要求在各個年級和各方面得到有效的落實；四是綜合利用教育資源，提高資源利用率，充分發揮教育效益；五是九年一貫制辦學管理模式的結構相對比較清晰，在入學、升學、畢業上有操作規范，在師資調動上有流動的程序，在管理過程中有特定的規章制度，使學校教育工作從目標、內容、方式與評價上能夠形成一個有機結合的整體，使之既要體現中小學教育管理的整體性、系統性、層次性，又要體現連續性、發展性和實效性。學校管理是一個系統工程，這一系統是各個相關的子系統有機組合構成的，它首先是個整體，但其中各個子系統相對獨立，有著各自的特點，所以不能一刀切，必須有與各子系統相應的管理措施，明確分工，發揮子系統的作用。但是作為一個整體中的部分，各子系統必須服從母系統的調節，與其他子系統協同作用，產生“1+1＞2”的效應。管理系統中各個層面的組織有其各自的職能，發揮著不同的作用，各層級間不能“越位”，也不能相互“替代”，更不能由較高層次的某一層面大權獨攬。而應各司其職，各盡其能。領導者的任務就在于根據共同設定并認可的目標，對各個層級實施調控，協調好相互間的關系，使之產生共振效應。我們提出的“整分管理模式”可以說是對這些管理理論的實踐與檢驗，同時，探索的結果必然會起到豐富理論的作用。
三、資源共享，師資互補
九年一貫制學校的優勢有利于教育資源的共享，降低學校的運作成本；有利于教育資源的重組，提高辦學效益；有利于教育資源的積聚、教育理論的積聚及學校長遠規劃和重點建設的實施；有利于教師間的競爭、合作、交流；有利于擴大學校的規模，提高辦學效益。不僅如此，還有利于加強素質教育。如學校特色的創建和各類教育工程的實施，能充分體現教育一體化理論，使學生有一個長足發展的空間和時間。有利于實施一以貫之的德育系列活動。九年一貫制素質教育中思想品德、行為習慣素質是教育的重要方面。學校可系統編制從小學直至中學的德育目標、要求及內容系列，由淺入深，由易到難，由簡到繁，循序漸進，用一以貫之的影響，牢固奠定其思想、信念、理想、行業習慣的形成和轉變的基礎，有利于中小學的教學銜接。九年一貫制學校完全有充裕的條件研究和實施中小學教育的各種銜接措施，可以大大淡化中小學教師與學生的界限。又如組成一至九年級的語文、數學、英語等貫通始終的教研組，可以長期把中小學的教學研討全面融為一體，促進中小學課程的整合、教學方法的整合。有利于辦學特色的形成和學生特長的培養。對辦學特色、辦學理念、管理制度、教學風格、學習策略、校園文化建設等重新進行整體設計，從一年級到九年級作通盤考慮，統一實施。如：體藝特色，經過九年長期的連貫的形式，多樣的教育活動，可以使特色更鮮明。有利于教師群體的成長。由于學校許多學科都沒有專職教師，合并成立九年一貫制學校后，可根據教師的專業及特長，統一調配，使學科教師專業化的問題得到解決，又給青年教師的一專多能以更大的施展空間。